[問題] for 迴圈的平行運算

[tony255034 (5245566)]

[問題類型]:
程式諮詢(我想用R 做某件事情，但是我不知道要怎麼用R 寫出來)

[軟體熟悉度]:
新手(沒寫過程式，R 是我的第一次)

[問題敘述]:

目前有一個數學模型，每次要跑20秒，懲罰係數大約為16*16種組合

想利用版上所說的RMPI來優化程式，但我是用雙for迴圈來代入懲罰係數的

目前是想平行運算各組合，將各組合結果儲存到一個陣列，

再去找出最小的AIC

[程式範例]:

wn = seq(0.25,1,0.05)

wn1 = seq(0.25,1,0.05)

AIC0 = 10^6

for(i in 1:length(wn)){
   for(j in 1:length(wn1)){
       list[AIC,BIC] = Model(wn[i],wn1[j]);
       if(AIC < AIC0){
           finalAIC = AIC
           finalBIC = BIC
       }
   }
}

[環境敘述]:

Win7 32bit R3.2.2

[關鍵字]:

Parallel Computing、RMPI

--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 123.195.74.150
※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/R_Language/M.1445428297.A.5AF.html
另外想請教一下這個錯誤要怎麼解決?
Error in mpi.comm.spawn(slave = mpitask, slavearg = args,
nslaves = count,  :
  Other MPI error, error stack:

RMPI不知道為何在我的電腦會出現這個錯誤  所以我就改用parallel這個函式庫

library(parallel)
inputs <- 1:256
processInput <- function(i){
    wn = seq(0.25,1,0.05)
    wn1 = seq(0.25,1,0.05)
    wnpair <- data.frame("wn0" = double(), "wn1" = double(),
stringsAsFactors=FALSE)
    for(i in 1:length(wn)){
        for(j in 1:length(wn1)){
           wnpair[nrow(wnpair) + 1,] <- c(wn[i],wn1[j])
        }
    }
    wnpair$wn0[i] * wnpair$wn1[i]
}
numCores <- detectCores()

c1 <- makeCluster(numCores)
results = parLapply(c1,inputs,processInput)
stopCluster(c1)

所得出的results變成256個0.25  而不是兩兩相乘 版上各位大大可以教學一下嗎?
→ Wush978: 沒有要跨電腦的話，就不須要用MPI
→ Wush978: 直接看看parallel或snow等套件吧
→ tony255034: 了解  parallel可以直接代入兩個參數嗎??
→ Wush978: 應該不能吃兩個參數，但是你可以用expand.grid展開一個
→ Wush978: c(length(wn) * length(wn1), 2)的矩陣，裡面列出i,j的所
→ Wush978: 有組合
感謝  有試了expand.grid 但不知道代入function後要如何分別用兩個參數

library(parallel)
inputs <- 1:256
wn = seq(0.25,1,0.05)
wn1 = seq(0.3,1,0.05)

processInput <- function(i) {
  i$Var1 + i$Var2
}
inputs <- expand.grid(wn,wn1)
numCores <- detectCores()

# results = mclapply(inputs, processInput, mc.cores = numCores)

# the above won't work on Windows, but this will:
cl <- makeCluster(numCores)
results = parLapply(cl, inputs, processInput)
stopCluster(cl)

會得到錯誤
Error in checkForRemoteErrors(val) :
  2 nodes produced errors; first error: $ operator is invalid for atomic
vectors
※ 編輯: tony255034 (123.195.74.150), 10/21/2015 22:28:29
→ Wush978: 只丟一維的變數到第一個參數，在函數裡面用expand.grid
→ Wush978: 的結果再展開成二維