[問題] RMySQL 無法連線

[Neisseria (Neisseria)]

[問題類型]:

程式諮詢(我想用R 做某件事情，但是我不知道要怎麼用R 寫出來)


[軟體熟悉度]:

入門(寫過其他程式，只是對語法不熟悉)


[問題敘述]:

OS: Debian GNU/Linux Jessie (8.0)
MySQL 版本：MariaDB 10.0.22

我想用 R 連接到 MySQL 資料庫，卻出現以下錯誤訊息：
Failed to connect to database: Error: Can't connect to local MySQL server
through socket '/tmp/mysql.sock'

已排除資料庫端的問題，我自已用 MariaDB 的 jdbc driver 可以連線
另外，我在自已的系統內，找不到 mysql.sock 這個檔案
要透過其他的 package 來連線？


[程式範例]:

library('RMySQL')

envValue <- Sys.getenv(c("MIRNA_DB_USERNAME", "MIRNA_DB_PASSWORD",
                          "MIRNA_DB", "MIRNA_DB_HOST"))

mydb <- dbConnect(RMySQL::MySQL(),
                  user=envValue['MIRNA_DB_USERNAME'],
                  password=envValue['MIRNA_DB_PASSWORD'],
                  dbname=envValue['MIRNA_DB'],
                  host=envValue['MIRNA_DB_HOST'])


[環境敘述]:

R version 3.2.2 (2015-08-14)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Debian GNU/Linux 8 (jessie)

locale:
 [1] LC_CTYPE=zh_TW.UTF-8       LC_NUMERIC=C
LC_TIME=zh_TW.UTF-8
 [4] LC_COLLATE=zh_TW.UTF-8     LC_MONETARY=zh_TW.UTF-8
LC_MESSAGES=zh_TW.UTF-8
 [7] LC_PAPER=zh_TW.UTF-8       LC_NAME=C
LC_ADDRESS=C
[10] LC_TELEPHONE=C             LC_MEASUREMENT=zh_TW.UTF-8
LC_IDENTIFICATION=C

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base

other attached packages:
[1] RMySQL_0.10.7 DBI_0.3.1

loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_3.2.2


[關鍵字]:


MySQL


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※ 編輯: Neisseria (203.71.94.1), 11/27/2015 14:43:30
→ Wush978: 請附上錯誤訊息
→ Wush978: 歐，我看到了。不過也沒遇過。幾個經驗：
→ Wush978: 1. 檢查一下/tmp的權限問題 2. 檢查/tmp的硬碟有沒有滿
→ Wush978: 3. RMySQL應該是用C的library來作連線，所以jdbc測不准
→ Wush978: 不然你就用RJDBC也可以
推 psinqoo: RODBC 這包應該可以 資料庫跟程式都在同一部機器上