[問題] heatmap固定顏色區間

[BENNY49 (班尼49)]

[問題類型]:

程式諮詢(我想用R 做某件事情，但是我不知道要怎麼用R 寫出來)


[軟體熟悉度]:
請把以下不需要的部份刪除
入門(寫過其他程式，只是對語法不熟悉)

[問題敘述]:

我有兩個矩陣想做heapmap,是用pheatmap來做,想把其中的預設顏色區間複製

給另一個矩陣使用,也就是希望兩個矩陣值-0.3到0.3有一樣的顏色,不因極值不同

而顏色跑掉,目前兩個圖用相同顏色區間我能做了,想問的是pheatmap的預設

顏色區間寫法

想要的顏色：http://imgur.com/XTCOFtd

自己做的不滿意：http://imgur.com/vA4vA0A

感謝版友先進不吝賜教 謝謝！



[程式範例]:
以下是自己的寫法 求改進

library(pheatmap)
bk <- c(seq(-0.4, -0.005, length=99), 0, seq(0.005, 0.4, length=100))
col1 <- colorRampPalette(c("blue", 'white'))(99)
col2 <- "white"
col3 <- colorRampPalette(c("white", "red"))(101)
colors <- c(col1, col2, col3)
pheatmap(matrix(sample(seq(-0.4,0.4,0.01),1e2,replace = T),nrow=10,ncol=10),
color=colors,
breaks=bk,
scale="none",
cluster_rows=F,
cluster_cols=F)


[關鍵字]:


heatmap, color interval


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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 182.235.107.180
※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/R_Language/M.1458759316.A.5BC.html
※ 編輯: BENNY49 (182.235.107.180), 03/24/2016 02:55:47
→ cywhale: 就多塞一些color code 不要直接寫 white, blue in color1
→ cywhale: 比如col1 <- colorRampPalette(c("#E6550D","#FEED30",
→ cywhale: ,'#FFFFE0'),alpha=0.8)(99) .. color3 blue 也改掉
→ cywhale: 如 (c("white", "#4292C6"),alpha=0.8).. 看起來像一些
→ BENNY49: 感謝 好很多了^^