[問題] 使用 crontab 排程要執行 R 程式

[corel (可羅)]

[問題類型]:

程式諮詢(我想用R 做某件事情，但是我不知道要怎麼用R 寫出來)



[軟體熟悉度]:
入門(寫過其他程式，只是對語法不熟悉) & linux 新手



[問題敘述]:

想要在 Linux底下用 crontab 排程 執行 R 程式

用 Rstudio 直接執行，就一切正常

但是換到用 crontab 設定排程就會產生錯誤..

主要是說 bitops 與 XML 套件找不到...!

請問是不是要把我所需要的套件設成 R 裡面預設的套件?

除require("套件名稱") 與 library("套件名稱")之外

有其它的做法嗎?




PS. 其實我有寫一個小程式來測試 crontab 來執行 R 程式, 執行結果是正常的...





以下為輸出的錯誤訊息:

Loading required package: bitops

Warning message:

In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE,

logical.return = TRUE,  :  there is no package called ‘bitops’


Loading required package: XML

Warning message:

In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return =

TRUE,  :  there is no package called ‘XML’

Loading required package: RCurl

Warning message:In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only

= TRUE, logical.return = TRUE,  :  there is no package called ‘RCurl’

Loading required package: DBI

Loading required package: methods

Loading required package: RMySQL

Error in library(bitops) : there is no package called ‘bitops’

停止執行



[環境敘述]:
請提供 sessionInfo() 的輸出結果，

R version 3.2.4 Revised (2016-03-16 r70336)

Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

Running under: Ubuntu 14.04.4 LTS

locale:

[1] LC_CTYPE=zh_TW.UTF-8       LC_NUMERIC=C        LC_TIME=zh_TW.UTF-8

[4] LC_COLLATE=zh_TW.UTF-8     LC_MONETARY=zh_TW.UTF-8    LC_MESSAGES=zh_TW.UTF-8

[7] LC_PAPER=zh_TW.UTF-8       LC_NAME=C                  LC_ADDRESS=C

[10] LC_TELEPHONE=C             LC_MEASUREMENT=zh_TW.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C



attached base packages:

[1] stats     graphics grDevices utils     datasets  methods   base




other attached packages:

[1] RMySQL_0.10.8  DBI_0.3.1      RCurl_1.95-4.8 XML_3.98-1.4   bitops_1.0-6



loaded via a namespace (and not attached):

[1] tools_3.2.4




感謝各位大大

謝謝

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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 1.168.206.122
※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/R_Language/M.1459017111.A.CF7.html
推 obarisk: 寫個腳本在crontab裡印.libPath
→ obarisk: 比一下在rstudio裡的.libPath
誠如 obarisk 大大所言

在 crontab -e 下執行 .libPath()結果
[1] "/usr/local/lib/R/site-library"
[2] "/usr/lib/R/site-library"
[3] "/usr/lib/R/library"


在 Rstdudio 下執行 .libPath()結果
的確 crontab 少了 /home/yoyo/... 這一行
[1] "/home/yoyo/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2"
[2] "/usr/local/lib/R/site-library"
[3] "/usr/lib/R/site-library"
[4]"/usr/lib/R/library"


請問該如何解決?


推 swedrf0112: 我猜應該是權限問題 確定ㄧ下你的crontab執行跟安裝pa
→ swedrf0112: cage時的權限是ㄧ樣的
請問 swedrf0112 大大
權限是要用 sudo Rscript 嗎?...
我不太明白...不過我加了結果還是一樣...
※ 編輯: corel (1.168.215.2), 03/28/2016 07:58:51
→ Wush978: crontab的環境變數和你平常使用下的環境變數差超多
→ Wush978: 我之前用的quick solution是直接在crontab中ssh自己執行
→ Wush978: 指令，這樣可以解決很多問題（但是要開ssh server）
→ Wush978: 其他可能的問題還有：sort的結果會不同
→ Wush978: .libPaths()會受到環境變數影響，細節在.libPaths的說明
→ Wush978: 我建議你如果不想花太多時間在這件事情上面，就在crontab
→ Wush978: 中ssh自己執行程式，否則除了這點外還可能會有其他bug



感謝 Wush978 版主大大的回應

小的剛剛想到一個很笨的方法

就是在inlcude library下

library("XML", lib.loc="指定lib安裝的路徑")

這樣可以在crontab下正常的執行


我有看過Wu大的教學影片

真是惠我良多

謝謝

※ 編輯: corel (211.73.74.11), 03/28/2016 09:50:05
推 obarisk: 把路徑加到path之中，或是都裝到system的路徑中
→ obarisk: 無腦做法就是用sudo裝pkg安全做法是開.libpath的權限
→ obarisk: 如果不會遇到版本問題的話