[問題] 用lsmeans做ANOVA post hoc分析

[salutyz (寫給城市的詩)]

[問題類型]:

程式諮詢(我想用R 做某件事情，但是我不知道要怎麼用R 寫出來)


[軟體熟悉度]:
請把以下不需要的部份刪除
新手(沒寫過程式，R 是我的第一次)

[問題敘述]:
請簡略描述你所要做的事情，或是這個程式的目的
有A,B,C三個factors的repeated anova (type III)，已經跑出anova的結果，想要繼續做post hoc
要用lsmean和constrast的方式（這是依據同領域朋友的建議，不過他是用SAS裡proc glm 去跑底下 lsmeans ( for simple main effect) 和contrast(for differences)

查了很多資料用下面的程式跑之後
在ref.grid()和lsmeans()都出現Error message
Warning message:
In lsm.basis.aovlist(object, trms, xlev, grid, ...) :
  Some predictors are correlated with the intercept - results are biased.
May help to re-fit with different contrasts, e.g. 'contr.sum'

不確定要怎樣修改才對..... orz

[程式範例]:


fit.1 <- aov(value~A*B*C+Error(Subject/(A*B*C)),data=work.1)
(late.rg1 <- ref.grid(fit.1))
lsmeans(fit.1, "A")

[環境敘述]:

請提供 sessionInfo() 的輸出結果，
裡面含有所有你使用的作業系統、R 的版本和套件版本資訊，
讓版友更容易找出錯誤

R version 3.1.3 (2015-03-09)
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)
Running under: OS X 10.10.5 (Yosemite)

locale:
[1] C

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base

other attached packages:
[1] lsmeans_2.20-23    estimability_1.1-1 car_2.0-25         nlme_3.1-126


[關鍵字]:


選擇性，也許未來有用


因為是超新手
所以折騰了好幾個禮拜
跪求各位高手幫忙
感激不盡（跪）

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※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/R_Language/M.1482719915.A.EE7.html
→ celestialgod: 你資料問題，要看資料
→ salutyz: 啊！是EEG data的資料，一個變數是condition(4 levels)
→ salutyz: 另外兩個變數是收資料的電極，分前後位置（5 levels)
→ salutyz: 和左右（5 levels）
→ andrew43: 參考本板 #1No0yAxH
→ andrew43: 但A*B*C要先平攤成簡單主效應
→ andrew43: 或是你說明白你預期結果是什麼