[問題] while loop 不知道怎麼寫

[lilian0330 (俐俐)]

大家好，剛開始統計軟體入門，寫過Matlab跟R
但最近在處理資料常常不知道怎麼解決error...

[問題]
要做物種出現的「最大距離」，例如有三個地點，在三個點之間有三個不相等的距離。
而物種A出現在site1跟site3，所以距離就是distance(1-3)
物種B出現在site1,2,3，但因為2跟3比較遠，最大距離是distance(2-3)

我目前已經做出來兩兩site之間的distance matrix
但是我不知道用while迴圈怎麼讓R自動判斷這個物種的「最大距離」


資料形式
Species｜ site1 ｜ site2 ｜ site3 ｜ max_distance
-------------------------------------------------------
A      ｜   5   ｜   0   ｜  20   ｜ distance(1-3)
B      ｜   4   ｜   7   ｜  2    ｜ distance(2-3)

我目前想到的邏輯是
table[1,2]-table[1,3]!=table[1,2]｜table[1,3]
依序做成這個物種的「所有距離」，最後再用max()選擇「最大距離」

想問問大家如果寫成while loop怎麼寫比較好呢?


[環境敘述]:
R version 3.3.2 (2016-10-31)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)

locale:
[1] LC_COLLATE=Chinese (Traditional)_Taiwan.950  LC_CTYPE=Chinese
(Traditional)_Taiwan.950
[3] LC_MONETARY=Chinese (Traditional)_Taiwan.950 LC_NUMERIC=C

[5] LC_TIME=Chinese (Traditional)_Taiwan.950

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base

other attached packages:
[1] sp_1.2-4             phyloseq_1.19.1      BiocInstaller_1.24.0
readxl_0.1.1         ggplot2_2.2.1
[6] vegan3d_1.0-1        vegan_2.4-2          lattice_0.20-34
 permute_0.9-4

loaded via a namespace (and not attached):
Error in x[["Version"]] : subscript out of bounds
In addition: Warning messages:
1: In FUN(X[[i]], ...) :
  DESCRIPTION file of package 'Rcpp' is missing or broken
2: In FUN(X[[i]], ...) :
  DESCRIPTION file of package 'jsonlite' is missing or broken



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→ andrew43: 距離矩陣是dist物件嗎？把它做as.matrix會比較容易對應
→ lilian0330: 謝謝！原本就有使用as.matrix轉成矩陣囉！但問題是讓
→ lilian0330: 系統自動判斷「兩個出現要取距離」及「找最大值」我想
→ lilian0330: 不到怎麼寫
→ andrew43: 對的，這二件事就是關鍵。請看我給你的code。
→ andrew43: 重點在combn那裡