Re: [問題] while loop 不知道怎麼寫

[andrew43 (討厭有好心推文後刪文者)]

大致上這樣做。

## site 座標
location <-
  data.frame(
    site.name = c("site1", "site2", "site3"),
    x = c(3,1,16),
    row.names = 1
  )

## site 距離矩陣
dist.mat <-
  dist(as.matrix(location)) %>%
  as.matrix
dist.mat

## 各site物種出現豐度
spp.dt <-
  data.frame(
    spp = c("A", "B"),
    site1 = c(5,4),
    site2 = c(0,7),
    site3 = c(20,2)
  )

library(magrittr)
spp.dt[, c("site1", "site2", "site3")] %>%
  as.matrix %>%
  apply(., 1, function(y) {
    y[y != 0] %>%
      names(.) %>%
      combn(., 2) %>%
      apply(., 2, function(pair) {
        dist.mat[pair[1], pair[2]]
      }) %>%
      max(.)
  })



※ 引述《lilian0330 (俐俐)》之銘言：
: 大家好，剛開始統計軟體入門，寫過Matlab跟R
: 但最近在處理資料常常不知道怎麼解決error...
: [問題]
: 要做物種出現的「最大距離」，例如有三個地點，在三個點之間有三個不相等的距離。
: 而物種A出現在site1跟site3，所以距離就是distance(1-3)
: 物種B出現在site1,2,3，但因為2跟3比較遠，最大距離是distance(2-3)
: 我目前已經做出來兩兩site之間的distance matrix
: 但是我不知道用while迴圈怎麼讓R自動判斷這個物種的「最大距離」
: 資料形式
: Species｜ site1 ｜ site2 ｜ site3 ｜ max_distance
: -------------------------------------------------------
: A      ｜   5   ｜   0   ｜  20   ｜ distance(1-3)
: B      ｜   4   ｜   7   ｜  2    ｜ distance(2-3)
: 我目前想到的邏輯是
: table[1,2]-table[1,3]!=table[1,2]｜table[1,3]
: 依序做成這個物種的「所有距離」，最後再用max()選擇「最大距離」
: 想問問大家如果寫成while loop怎麼寫比較好呢?
: [環境敘述]:
: R version 3.3.2 (2016-10-31)
: Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
: Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)
: locale:
: [1] LC_COLLATE=Chinese (Traditional)_Taiwan.950  LC_CTYPE=Chinese
: (Traditional)_Taiwan.950
: [3] LC_MONETARY=Chinese (Traditional)_Taiwan.950 LC_NUMERIC=C
: [5] LC_TIME=Chinese (Traditional)_Taiwan.950
: attached base packages:
: [1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base
: other attached packages:
: [1] sp_1.2-4             phyloseq_1.19.1      BiocInstaller_1.24.0
: readxl_0.1.1         ggplot2_2.2.1
: [6] vegan3d_1.0-1        vegan_2.4-2          lattice_0.20-34
:  permute_0.9-4
: loaded via a namespace (and not attached):
: Error in x[["Version"]] : subscript out of bounds
: In addition: Warning messages:
: 1: In FUN(X[[i]], ...) :
:   DESCRIPTION file of package 'Rcpp' is missing or broken
: 2: In FUN(X[[i]], ...) :
:   DESCRIPTION file of package 'jsonlite' is missing or broken

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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 220.135.110.74
※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/R_Language/M.1491299743.A.AAF.html
→ lilian0330: 感謝！我研究一下！
推 lilian0330: 我跑完了可以執行，但換成原始資料後遇到一個問題
→ lilian0330: geodist[pair[1], pair[2]] : no 'dimnames' attribut
→ lilian0330: for array
→ andrew43: 你比較我的資料matrix和你的看是不是少了欄名或列名
→ andrew43: 真的解不開就直接提供你的部份資料。
→ andrew43: 若你可以看懂code，相信這只是個小問題，修一下即可。
推 lilian0330: 我找到了，距離矩陣沒有原本的樣本名字
→ lilian0330: 但是因為我要用經緯度算，所以使用gdistance package
→ lilian0330: 中的spDists()，只有在輸出成csv的時候是有site的
→ andrew43: 那好辦，就多幫它補上即可。
推 lilian0330: 謝謝你！我補上了
→ lilian0330: 現在新的 Error in combn(., 2) : n < m
推 lilian0330: m是2，n是什麼呀?
→ andrew43: 你檢查是不是有某個site只有一個物種。應該是這個原因
→ andrew43: 有的話，這段code要修以跳脫這種例外。
→ andrew43: 說反了，是不是某個物種只出現在一個site。
推 lilian0330: 喔喔有的，大概有70%以上~
推 lilian0330: 這種狀況distance定義=0
→ andrew43: 把那些物種列都挑掉，或是改寫成if else
→ andrew43: 下次把這種明顯的例外一起說明，別人才能一併處理。
推 lilian0330: 好的> <抱歉提問的時候沒有想到這是特例...謝謝！
推 lilian0330: if x = sum(x) else接原本的code?但我不確定x要改哪裡
→ andrew43: 我再回一個
location <-
  data.frame(
    site.name = c("site1", "site2", "site3"),
    x = c(3, 1, 16),
    row.names = 1
  )
dist.mat <-
  dist(as.matrix(location)) %>%
  as.matrix
dist.mat


spp.dt <-
  data.frame(
    spp = c("A", "B", "C"),
    site1 = c(5, 4, 0),
    site2 = c(0, 7, 0),
    site3 = c(20, 2, 1)
  )

library(magrittr)
spp.dt[, c("site1", "site2", "site3")] %>%
  as.matrix %>%
  apply(., 1, function(y) {
    if (sum(y >= 2)) { # 處理某 spp 只在 1 個以下 site 出現
      y[y != 0] %>%
        names(.) %>%
        combn(., 2) %>%
        apply(., 2, function(pair) {
          dist.mat[pair[1], pair[2]]
        }) %>%
        max(.)
    } else {
      0
    }
  })

※ 編輯: andrew43 (125.230.106.85), 04/04/2017 23:10:56
※ 編輯: andrew43 (125.230.106.85), 04/04/2017 23:17:33
推 lilian0330: 阿阿不行，出現 Error in dist.mat[pair[1], pair[2]]
→ lilian0330: : subscript out of bounds
推 lilian0330: 想詢問這邊pair的功能是什麼呢?
→ andrew43: 你大概不懂apply怎麼用。把你一小部分資料貼出來吧。
→ andrew43: 再看到底是你卡在哪裡。
→ andrew43: 你把 dist.mat[pair[1], pair[2]] 改成 print(pair) 就
→ andrew43: 可以看到pair實際上是什麼。
推 lilian0330: 我看到pair了，但是三筆data有五個結果(site)，不太懂
→ andrew43: 那就是combn的結果，即所有site的兩兩組合。