[問題] 分群和找位置相關問題

[w32123 (Ru)]

[問題類型]:
程式諮詢(我想用R 做某件事情，但是我不知道要怎麼用R 寫出來)

[軟體熟悉度]:
入門(寫過其他程式，只是對語法不熟悉)

[問題敘述]:
各位大神大家好~
http://i.imgur.com/tbduH5L.jpg
這個圖中的每一小坨是植物的位置
是先對每個點的光譜值做kmeans分四群後找出來的
四個頂點是邊界範圍
我想找出散布在圖中每一坨的中心點當作植物中心點
也想知道中心點的位置和個數

Hclust我只放入了x,y座標讓他們分群可是感覺分不太出來QQ結果如圖
http://i.imgur.com/mrC8b6c.jpg

想請問有除了分群以外的方法嗎?

另外想讓R自動決定分群數 有嘗試過elbow method
但是都會出現Error: cannot allocate vector of size 91.4 Gb
不知道自動決定分群數有沒有比較推薦的方法呢
先謝過各位大神了~

現有每個點的資料格式如圖
最左邊是序號 band1~4是光譜值 x,y是x,y座標
http://i.imgur.com/UUPYeCU.jpg

[程式範例]:
plant.cluster <- hclust(dist(remain.plant.add[,1:2]),method = "ward.D2")
png("hclust.png",res = 200,width = 2259,height = 1549)
plot(plant.cluster)
dev.off()


#elbow method
elbow.k <- function(mydata){
        dist.obj <- dist(mydata)
        hclust.obj <- hclust(dist.obj)
        css.obj <- css.hclust(dist.obj,hclust.obj)
        elbow.obj <- elbow.batch(css.obj)
        k <- elbow.obj$k
        return(k)
}

elbow.k(NDVI)
#Error: cannot allocate vector of size 91.4 Gb

[環境敘述]:

R version 3.5.0 (2018-04-23)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=Chinese (Traditional)_Taiwan.950
[2] LC_CTYPE=Chinese (Traditional)_Taiwan.950
[3] LC_MONETARY=Chinese (Traditional)_Taiwan.950
[4] LC_NUMERIC=C
[5] LC_TIME=Chinese (Traditional)_Taiwan.950

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods
[7] base

other attached packages:
[1] ggplot2_2.2.1 NbClust_3.0   rgdal_1.3-3   sp_1.3-1

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] Rcpp_0.12.18     lattice_0.20-35  crayon_1.3.4
 [4] grid_3.5.0       plyr_1.8.4       gtable_0.2.0
 [7] scales_1.0.0     pillar_1.3.0     rlang_0.2.2
[10] lazyeval_0.2.1   rstudioapi_0.7   labeling_0.3
[13] tools_3.5.0      munsell_0.5.0    compiler_3.5.0
[16] colorspace_1.3-2 tibble_1.4.2

[關鍵字]:
分群、中心點、位置

--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 117.19.1.14
※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/R_Language/M.1540980684.A.F97.html
→ Wush978: 如果用別的分群演算法呢? 例如 dbscan or supc
推 andrew43: 看起來很均勻，這樣硬要分群沒什麼意思。
→ TreeMan: 自動決定分群數可以使用NbClust https://goo.gl/LwAtGx
推 eric500g: 就圖來看，是個平行四邊形，每坨也差不多等距，何不直接
先感謝樓上幾位大神的回答，會再嘗試看看dbscan和supc。 nbclust之前有試過（忘記寫在內文抱歉）但也是一樣的error: 91.4gb QQ 也有想過直接算出每坨的中心點，但是從我的資料中看不出來哪些點是屬於哪一坨的QQ 所以才會想說分群不知道能不能看出來哪些點是同一坨這樣~若大神們有各種想法都歡迎提出，謝謝您們寶貴的建議！
→ eric500g: 算出大概的中心點？不知道理解有沒有錯
※ 編輯: w32123 (117.19.1.14), 10/31/2018 22:26:21
→ andrew43: 光譜資料和座標資料有關嗎？你實際想分析什麼？
推 Bourdieu1984: 試試fpc套件的pam函數