[問題] 如何求出一萬個相關係數，並存檔

[jezi1878 (小天使)]

[問題類型]:
程式諮詢(我想用R 做某件事情，但是我不知道要怎麼用R 寫出來)

[軟體熟悉度]:
入門(寫過其他程式，只是對語法不熟悉)

[問題敘述]:
假設我在NCBI下載一組公開資料如下圖所示
https://i.imgur.com/gnlScqk.png

我想以紅色row為標準，與其他gene跑 pearson r
想要最後呈現結果如下圖，可以存檔起來
https://i.imgur.com/uCglqtf.png

單跑一個pearson r 沒有問題
但是要一次跑1萬個相關，並可依想要格式存檔起來
我就卡住了。

我知道可以跑迴圈，或是用apply來跑，但是總是寫不出來。
只好求助各位幫忙指點迷津

[程式範例]:

GSE97300 <- readRDS("D:/my_data.rds")

gene_name <- GSE97300$ID_REF
Top_gene<- as.numeric(GSE97300[1,-1])
test_gene<-as.numeric(GSE97300[i,-1])


pearson_R<-cor.test(Top_gene,
                    test_gene,
                    alternative = "two.sided",
                    method = "pearson",
                    exact = NULL,
                    conf.level = 0.95,
                    continuity = FALSE)


[環境敘述]:

請提供 sessionInfo() 的輸出結果，
裡面含有所有你使用的作業系統、R 的版本和套件版本資訊，


R version 4.0.0 (2020-04-24) -- "Arbor Day"
Copyright (C) 2020 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)

[關鍵字]:


迴圈、Apply


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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 49.216.87.230 (臺灣)
※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/R_Language/M.1592242268.A.CF4.html
→ andrew43: for look即可。留意記憶空間預先分配並避免一直改寫
→ andrew43: data frame 就不會太慢。 https://ideone.com/rkGuFv
→ andrew43: 訂正 *loop* 非 look
→ jezi1878: 感謝，成功跑出來了