以下列車行駛日期均為109年1月1日1天，車種均為EMU。
順行
區間車 3104次 嘉義→斗六
嘉 義 嘉 北 民 雄 大 林 石 龜 斗 南 斗 六
01:20 01:24 01:30 01:36 01:40 01:45 01:52
區間車 3108次 臺南→嘉義
臺 南 大 橋 永 康 新 市 南 科 善 化 拔 林 隆 田 林鳳營 柳 營 新 營
01:30 01:34 01:39 01:45 01:50 01:54 01:58 02:02 02:07 02:11 02:16
後 壁 南 靖 水 上 嘉 義
02:22 02:28 02:31 02:37
區間車 3206次 高雄→臺南
高 雄 三塊厝 鼓 山 美術館 內 惟 左 營 新左營 楠 梓 橋 頭 岡 山 路 竹
01:00 01:03 01:06 01:09 01:11 01:13 01:17 01:22 01:26 01:31 01:37
大 湖 中 洲 仁 德 保 安 臺 南
01:41 01:45 01:49 01:52 01:58
區間車 3214次 高雄→嘉義
高 雄 三塊厝 鼓 山 美術館 內 惟 左 營 新左營 楠 梓 橋 頭 岡 山 路 竹
01:30 01:33 01:36 01:39 01:41 01:43 01:47 01:52 01:56 02:01 02:07
大 湖 中 洲 仁 德 保 安 臺 南 大 橋 永 康 新 市 南 科 善 化 拔 林
02:11 02:15 02:19 02:22 02:29 02:32 02:36 02:42 02:47 02:52 02:56
隆 田 林鳳營 柳 營 新 營 後 壁 南 靖 水 上 嘉 義
03:01 03:06 03:10 03:14 03:20 03:26 03:29 03:35
逆行
區間車 3317次 新左營→潮州
新左營 左 營 內 惟 美術館 鼓 山 三塊厝 高 雄 民 族 科工館 正 義 鳳 山
01:18 01:22 01:24 01:27 01:29 01:32 01:37 01:39 01:42 01:45 01:48
後 庄 九曲堂 六塊厝 屏 東 歸 來 麟 洛 西 勢 竹 田 潮 州
01:52 01:57 02:02 02:06 02:09 02:12 02:16 02:20 02:25
區間車 3109次 臺南→高雄
臺 南 保 安 仁 德 中 洲 大 湖 路 竹 岡 山 橋 頭 楠 梓 新左營 左 營
01:35 01:41 01:44 01:47 01:51 01:55 02:03 02:07 02:11 02:17 02:20
內 惟 美術館 鼓 山 三塊厝 高 雄
02:22 02:25 02:27 02:30 02:33
區間車 3103次 嘉義→臺南
嘉 義 水 上 南 靖 後 壁 新 營 柳 營 林鳳營 隆 田 拔 林 善 化 南 科
01:15 01:21 01:24 01:30 01:37 01:40 01:44 01:50 01:53 01:59 02:02
新 市 永 康 大 橋 臺 南
02:07 02:13 02:17 02:20
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